L’église St-Martin-du-Pont, aujourd’hui disparue, était située dans la rue St-Martin (devenue rue Grand-Pont) et la rue de la Savonnerie, proche de la porte St-Martin (ou porte du Pont). Elle a aussi porté le nom de St-Martin-de-la-Roquette.
L’église St-Martin ne fut certainement à ses débuts qu’une modeste chapelle construite à côté ou sur l’une des portes de la cité. Son existence est attestée en 1025, mais devait être beaucoup plus ancienne. Le vocable est souvent associé à des oratoires situés sur des portes de villes, pour les protéger. Il est possible qu’elle remonte à la seconde moitié du VI^e siècle. Il semble difficile de suivre la légende selon laquelle elle était située sur un roc formant une île de la Seine (la Roquette qui se retrouve quelquefois associée à son nom).
C’était une simple chapelle aux murs de pierre et à la simple charpente de bois. Attesté en 833, l’édifice religieux auquel devait être adjoint une petite communauté monastique se révélait très précaire et brûla de nombreuses fois.
L’église St-Martin-du-Pont serait bien antérieure aux premières estimations avancées qui la faisaient remonter au X^e siècle. Elle serait effectivement apparue au moins depuis le VI^e siècle. Grégoire de Tours mentionne une « basilique de St-Martin construite en planches de bois le mur de la cité », où se réfugièrent la reine Brunehaut et Mérovée en 576. Certains ont placé cette église à St-Martin-sur-Renelle, mais cette dernière était située à plus de 80 mètres à l’ouest du rempart et non sur ce dernier.

D’après Dudon de Saint-Quentin, c’est non loin de St-Martin que débarqua, vers 906, le futur chef de la Normandie, Rollon. En effet, devant St-Martin-de-la-Roquette, ce chef norvégien, à la tête d’une puissante horde de guerriers principalement d’origine danoise, s’arrêta pour piller la cité.
A cette époque, il n’est pas sûr du tout qu’il y ait eu un pont permanent. Les premières mentions se trouvent en 1025 dans un acte de Richard II, en 1030 dans la charte de fondation de l’abbaye de la Trinité-du-Mont-de-Rouen et en 1090 dans Orderic Vital au sujet. Au XII^e siècle, Mathilde l’Emperesse finança le nouveau pont, en pierre et à treize arches, qui passa à la postérité sous le nom de Pont Mathilde. C’est surtout ce pont qui donna son surnom à l’église St-Martin. L’église, désormais rattachée à la rive droite, devint St-Martin-du-Pont ou du Grand-Pont.
Les “Terres Neuves” des berges de la Seine furent peu à peu bâties et l’église fut considérablement agrandie.
Lorsque l’église paroissiale St-Clément fut concédée aux Cordeliers, en 1249, et supprimée en tant qu’église paroissiale, une partie de ses anciens paroissiens fut attribuée à St-Martin-du-Pont. En 1251, l’archevêque Eudes Rigaud étendit encore le territoire de la paroisse en y incluant la partie du faubourg St-Sever la plus proche de la Seine. La chapelle St-Yves était alors rattachée à la paroisse en tant qu’annexe et ensuite succursale paroissiale. Les cloches de St-Martin-du-Pont conviaient les fidèles de l’autre rive, ceux du “bout du pont” (qui ne relevaient pas de St-Sever mais de St-Yves), aux messes dominicales de St-Martin-du-Pont. En contrepartie, les paroissiens habitués de St-Yves invitaient ceux de la rue Grand-Pont à certains offices particuliers en semaine.
L’église St-Martin-du-Pont avait été primitivement l’un des nombreux édifices religieux entrant dans les dépendances de la puissante abbaye des Bénédictines de St-Amand de Rouen.
Le collatéral gauche formait une belle chapelle dédiée à sainte Anne, qui aurait été édifiée, en 1396, par Guillaume Alorge (maire de Rouen en 1375-1376) et par son fils aîné, Robert.
De même, le collatéral droit était formé d’une chapelle de la Vierge bâtie au milieu du XV^e siècle par la famille Le Lieur, qui donna-t-elle aussi plusieurs maires à la ville. Les familles Alorge et Le Lieur possédaient initialement le territoire entier de la paroisse. Leurs armoiries étaient apposées en plusieurs endroits dans l’église. Leurs concessions résultaient d’un partage ancestral pratiqué par les ducs de Normandie.
La flèche de l’église St-Martin-du-Pont était d’une structure originale. Elevée au début du XVI^e siècle, la pyramide bigarrée de maître Delarue se caractérisait par son style moitié antique, moitié moderne, et demeurait très différente du style gothique. Primitivement, la base du clocher avait été bâtie sur l’emplacement et sur les ruines d’une ancienne tour, vestiges d’une construction frappée par la foudre le 28 mai 1413.
L’église eut à subir, en 1562, des déprédations causées par les Huguenots comme bien des édifices religieux de Rouen.