Le premier Hôtel-Dieu de la Madeleine se situait près de la cathédrale, en face du portail de la Calende. Il occupait une portion du territoire peu étendue de la paroisse de St-Etienne-la-Grande-Eglise.
Son ancienneté était grande. S’il est connu comme “Hôpital Notre-Dame” dans une charte de 1197, il était là bien avant, sous la tutelle des archevêques et du clergé.
Des religieuses s’y installèrent vers 1145. La communauté suivait la Règle de saint Augustin. A ses débuts, elle était mixte, particularité qu’elle partageait, par exemple, avec celle de l’abbaye de Fontevrault. Il lui fut adjoint par la suite une cure de Ste-Madeleine, considérée comme paroisse.
Au moyen âge et à la Renaissance, la peste était quasiment constante à Rouen. En 1537 on réclame déjà la construction d’un Lieu de santé. Le lieu-dit Jéricho, à l’est de Rouen est rapidement écarté et on décide, en 1569, l’achat de la propriété du Général des Finances Prudhomme qui devint le Lieu d’Event avant de devenir le Lieu de Santé. On y fit des constructions sommaires en 1592. La peste continuant à faire des retours cycliques, l’Hôtel-Dieu étant ravagé par un terrible incendie en 1624, décision fut prise en 1654 de construire deux hôpitaux sur le Lieu de Santé, St-Louis pour les malades, et St-Roch pour les convalescents. Le projet initial que fut qu’incomplètement réalisé. Les épidémies avaient diminuées d’intensité et les locaux servirent même à des usages biens éloignés de la fonction d’origine : prison, magasin à grains, logement de victimes d’inondations…

Le transfert de l’Hôtel-Dieu des alentours de la cathédrale vers le nouveau site ne se fit qu’au milieu du XVIII^e siècle, plus d’un siècle plus tard ! La décision en fut prise en 1750 et c’est le 16 juillet 1758, à 3 heures de l’après-midi, que le transfert des malades commença. L’établissement conserva son ancien nom d’Hôtel-Dieu de la Madeleine.

Les bâtiments de l’ancien Hôtel-Dieu formaient un ensemble compact au sud de la cathédrale. Ils s’agrandirent peu à peu au cours de siècles. Au centre, se trouvait un ensemble de cours. A l’ouest était la partie conventuelle avec, sur la rue du Change, les religieux. Les religieuses étaient au sud, sur la rue de la Magdeleine. A l’est, la grande salle des malades s’entendait au long de la rue du Panneret. Elle contenait 80 lits occupés chacun par trois malades. Entre la chapelle et cette salle, se trouvait l’entrée de l’hôpital, avec le logement du portier. La cour du Chariot servait de remise au véhicule utilisé pour le transport des trépassés au cimetière St-Maur.
D’autres salles pour les malades furent construites au delà des rues des Pannetiers et de la Magdeleine. On y accédait par trois ponts établis au-dessus de la chaussée.
L’ancienne église conventuelle était destinée aux religieuses et aux religieux (Chanoines et Chanoinesses Réguliers de St-Augustin) mais aussi aux malades. Elle était parallèle à la rue du Change. Elle avait remplacé en 1508 une primitive chapelle portant le même vocable et se trouvant dans la rue de la Magdeleine et dont nous ne connaissons pas les dispositions. Le dessin de la grande vue de Rouen de Jacques Le Lieur, montre qu’en 1525 on n’avait construit que quatre travées. Les travaux n’étaient pas terminés. Elle fut dédicacée en 1658. On commença à la démolir vers 1779.
Elle comportait en vaisseau de six travées accompagné de bas-côtés. Le chevet, orienté à l’est, était quasiment plat. Sur le dessin de Jacques Le Lieur, il semble comporter deux pans de murs. Les bas-côtés se terminaient de la même façon.
Un petit clocher surmontait le faîte du toit. Il était situé au niveau de la quatrième travée.

Éducation de la Vierge

Guérison du paralytique

Guérison de l'aveugle-né

L'orgue de chœur a été construit vers 1850 par Ducroquet et Barker.
Il a été agrandi en 1873 par Cavaillé-Coll et agrandi au début du XX^e siècle par Charles Mutin.
il est actuellement hors service.