Le transept présente des dimensions exceptionnelles. Chaque bras est bordé de collatéraux et ouvre sur des portails monumentaux : portail des Libraires au nord, de la Calende au sud.
Au fond du croisillon nord, un escalier menait à la bibliothèque des chanoines (leur librairie comme on disait à l'époque. C'est de là que vient le nom du portail). La partie inférieure a été construite par le maître d'œuvre Guillaume Pontif en 1471, les deux volées supérieures ont été ajoutées au XVIII^e siècle, mais sont de style gothique. la bibliothèque se trouvait dans les étages du Logis d'Albane qui surmontait la cour du même nom.
Deux chapelles orientées s'ouvrent dans les bras du transept.
A la croisée de la nef et du transept se trouve cette grosse tour caractéristique de l'art gothique normand : la tour lanterne. Ce puits de lumière participe grandement, avec les roses des croisillons, à la clarté de l'édifice.