Dès l'origine, il dut y avoir un orgue dans l'église. En 1476, un certain Jehan Gaultier recevait 20s. pour leur réparation. Elle devait être sur le jubé, au centre de l'église. Jugées insuffisantes au début du XVI^e siècle. Le curé Arthur Fillon organisa des quêtes en 1517-1518, pour financer un nouvel instrument.
Le buffet de l'orgue date de 1520. Il a été déplacé en 1541 au revers de la façade, ainsi que l'escalier de pierre. Il reçut un nouvel instrument, œuvre d'Antoine Josseline. Il comportait alors deux claviers manuels et un pédalier. Il est possible que Jean Goujon en ait été l'auteur. On est certain que c'est lui qui réalisa les deux colonnes du support.
On lui apporta diverses améliorations au XVII^e siècle, comme l'ajout d'un positif en 1627. Son plus bel état est celui de 1732, époque où le facteur rouennais Charles Lefebvre le refit entièrement.
Il dut être reconstruit au début du XIX^e siècle par le facteur Mercklin.
Gravement endommagé par la seconde guerre mondiale, il a été reconstruit à nouveau dans la deuxième moitié du XX^e siècle par la maison Haerpfer-Herman.
Il a été inauguré le 21 octobre 1965 par Marie-Claire Alain.
Une nouvelle reconstruction a été nécessaire en 1998 (maison Kern).