L'instrument d'origine était l'œuvre d'Antoine Josseline. Il datait de 1540 et comportait deux claviers manuels et un pédalier.
Le buffet de positif fut ajouté en 1627.
Il a été amélioré au cours des siècles. En 1732, le facteur rouennais Charles Lefebvre refaisait l'instrument, lui donnant une bonne part de sa physionomie actuelle.
Il fut refait au début du XIX^e siècle par Mercklin.
Il a été reconstruit à nouveau en 1965 par la maison réputée Haerpfer-Erman.
La dernière reconstruction date de 1995. C'est la maison Kern qui la réalisa.
Il reste l'un des instruments les plus renommés de Rouen et est utilisé pour de nombreux concerts.