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Après la conquête par Philippe Auguste (1204), une nouvelle forteresse fut construite au nord de la ville. Alors que les Normands avaient installé le centre de leur pouvoir de côté de la Seine, c'est résolument du côté des terres que la Capétien fit construire son Château, à la fois défense de la ville et aussi menace permanente pour ses habitants.
Conséquence du traité de capitulation, les murailles furent abattues. Elle furent toutefois relevées assez rapidement, dans le cours du XIII^e siècle.
Les périls montant du fait des débuts de la guerre de Cent Ans, il y avait urgence à restaurer les murailles, ce qui fut fait à l'injonction de Philippe de Valois. On en profita aussi pour enclore les quartiers de l'est de la ville, de part et d'autre du Robec.
L'abbaye se Sainte-Catherine était devenue une forteresse redoutable. Sur la rive gauche de la Seine, un important chantier de constructions navales, le Clos des Galées, avait été installé pour la construction de la marine royale.

Cette remarquable vue cavalière de la ville formait le frontispice du Livre des Fontaines de Jacques Le Lieur. Elle présente la ville telle qu'elle était en 1525. On voit qu'elle extraordinaire forteresse elle était. Du côté de la Seine, 13 portes s'ouvraient vers le port. Il n'y en avait que 5 vers la campagne ce qui montre encore une fois l'importance de l'activité portuaire.
La ville va rester ainsi pratiquement jusqu'à la fin du XVIII^e siècle.